Program Studi Teknik Geomatika jenjang diploma Jurusan Teknik Geodesi Fakultas Teknik UGM didirikan pada tanggal 13 Juli 2000, dan penyelenggaraannya dimulai pada tahun akademik 2000/2001, tepatnya pada bulan September 2000.
Pada masa awal berdirinya sampai pada bulan November 2009, program studi ini secara struktur organisasi berada di bawah Jurusan Teknik Geodesi UGM. Sebagai bagian dari Jurusan, prodi ini menempati lokasi di Gedung Jurusan Teknik Geodesi, di dalam lingkungan Fakultas Teknik UGM.
Di dalam pengelolaannya secara internal, prodi ini dipimpin oleh Ketua dibantu Sekretaris Pengelola yang pada awal berdirinya prodi ini dijabat oleh Ir. Soeprapto sebagai Ketua dan Ir. Gondang Riyadi, Dipl.C sebagai sekretarisnya. Pada tahun 2004, karena Ir. Soeprapto telah memasuki masa purna tugas, dilakukan pergantian Ketua Pengelola kepada Ir. Slamet Basuki, M.Si, dengan Ir. Gondang Riyadi, Dipl.C, MT tetap menjabat sebagai Sekretaris untuk masa bakti 2004 – 2008.
Pada awal berdirinya prodi ini, kurikulum yang diberlakukan adalah Kurikulum 2000 yang memiliki 2 peminatan utama, yaitu peminatan Kadastral dan Survei Rekayasa. Pada tahun 2007 telah dilaksanakan evaluasi kurikulum yang menghasilkan kurikulum baru yang lebih berorientasi pada kompetensi keilmuan Teknologi Geomatika (Survei Pemetaan dan Penentuan Posisi, Sistem Informasi Geografis, dan Penginderaan Jauh). Kurikulum baru ini dilaksanakan sejak tahun akademik 2008/2009 sampai sekarang, dan dinamakan Kurikulum 2008.
Pada perkembangannya, berdasarkan atas SK Rektor No. 518/P/SK/HT/2008 tertanggal 6 Oktober 2008 tentang Sekolah Vokasi, maka mulai bulan Januari 2010 Program Diploma 3 Teknik Geomatika secara struktur organisasi tidak lagi berada di bawah Jurusan Teknik Geodesi FT UGM, namun telah berada di bawah Sekolah Vokasi UGM. Meskipun telah berada di bawah naungan Sekolah Vokasi UGM, namun segala aktifitas akademik tetap berada di dalam Gedung Jurusan Teknik Geodesi FT UGM. Hal ini dikarenakan prodi ini masih belum mempunyai dosen, karyawan dan peralatan laboratorium, serta infrastruktur sendiri, sehingga masih harus resource sharing dengan Jurusan Teknik Geodesi FT UGM.